Podatnik ma prawo do odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF. To już wiemy z dziesiątek interpretacji. Teraz dowiedzieliśmy się jednak, że późniejsze udokumentowanie tej samej transakcji fakturą ustrukturyzowaną w KSeF co do zasady nie będzie wymagało korekty JPK_V7M tylko po to, by uzupełnić numer KSeF.
Prawo do odliczenia VAT z faktury poza KSeF
Przepisy o VAT nie wprowadzają negatywnej przesłanki odliczenia podatku wyłącznie z tego powodu, że faktura została wystawiona poza KSeF, mimo że wystawca miał obowiązek korzystania z systemu. Warunkiem odliczenia pozostaje to, aby faktura dokumentowała rzeczywiste zdarzenie gospodarcze, dotyczyła czynności opodatkowanych, a nabywane towary/usługi były wykorzystywane do działalności opodatkowanej oraz nie podlegały ograniczeniom z art. 88 ustawy o VAT ani wyłączeniom kosztowym z art. 16 ust. 1 ustawy o CIT.
Organy podatkowe wprost wskazują, że wadliwość formalna polegająca na wystawieniu faktury poza KSeF nie pozbawia nabywcy prawa do odliczenia VAT naliczonego, o ile spełnione są materialne przesłanki odliczenia. Innymi słowy – fakt, że kontrahent „spóźnił się” z wdrożeniem KSeF lub błędnie ocenił swój status, nie powinien obciążać nabywcy, który dysponuje prawidłową fakturą papierową/elektroniczną i wykorzystuje zakupy do działalności opodatkowanej.
Co, jeśli ta sama transakcja później trafia do KSeF?
Od 2026 r. struktura JPK_V7 przewiduje pole „NrKSeF”, które należy wypełnić dla faktur posiadających numer nadany przez Krajowy System e-Faktur na moment składania pliku JPK. Jeżeli na dzień sporządzenia JPK_V7M podatnik dysponuje wyłącznie fakturą papierową/elektroniczną, bez numeru KSeF, nie ma obowiązku „przewidywać” przyszłego nadania numeru i nie wpisuje go w ewidencji.
Ministerstwo Finansów i praktyka interpretacyjna potwierdzają, że późniejsze udostępnienie tej samej faktury w KSeF – po złożeniu deklaracji i JPK za dany okres – nie rodzi samoistnie obowiązku korekty już złożonego pliku wyłącznie w celu uzupełnienia numeru KSeF. Obowiązek wykazania numeru KSeF ocenia się na moment składania ewidencji: jeśli w tym momencie faktura nie miała jeszcze identyfikatora KSeF, podatnik działał prawidłowo, a moment odliczenia VAT pozostaje niezmieniony.
Co to oznacza dla podatników – wnioski praktyczne
Po pierwsze, otrzymanie faktury zakupowej w formie papierowej lub „zwykłego” pliku elektronicznego (np. pdf) po 31 stycznia 2026 r. nie pozbawia automatycznie nabywcy prawa do odliczenia VAT, nawet jeżeli po stronie dostawcy istniał już obowiązek wystawienia faktury w KSeF. Kluczowe jest zweryfikowanie, czy transakcja miała miejsce, spełnia warunki do odliczenia i nie zachodzą przesłanki negatywne z art. 88 ustawy o VAT – wtedy odliczenie pozostaje dopuszczalne.
Po drugie, jeżeli po dokonaniu odliczenia dostawca „nadrobi” obowiązek i wystawi tę samą fakturę w KSeF, podatnik nie jest zobowiązany do cofania się do wcześniejszych okresów i korygowania JPK_V7M wyłącznie w celu dopisania numeru KSeF. Numer KSeF może być uwzględniany w bieżącej ewidencji pomocniczej dla celów porządkowych i kontrolnych, natomiast sam moment odliczenia VAT oraz rozliczenie transakcji w JPK pozostają prawidłowe, o ile od początku były oparte na rzetelnej fakturze dokumentującej rzeczywistą dostawę lub usługę.
